2009年退役之後，朱丹擔任中國隊助理教練，並通過層層選拔獲得藝術體操國際級裁判員資格，多次代表中國參加國際賽事執裁工作。此後又跨界成為自由式滑雪空中技巧項目國際裁判，成為中國首位冠軍跨界跨項國際級裁判，並在2022北京冬奧會上擔任執裁工作。她表示，做裁判，要時刻牢記以規則為尺，不偏不倚：「這是做裁判員的基本原則。」
書本外考核才最難
她告訴記者，參加裁判培訓班要通過考試，層層過關，最終成績合格才能成為正式的裁判員，但這還不是最難的：「做裁判員必須具備相應的條件，包括有高尚的道德品質、作風正派、堅持原則、公正無私、嚴肅認真，以及對所有運動員一視同仁、精通本項比賽的規程和規則、善於把規則精神運用到比賽中去。同時，還要了解本專項當今世界的技術、戰術發展趨勢，不斷進行觀念和知識的更新。」朱丹坦言，這些書本以外的考核才是最難的。
不過，她亦表示，正因為選拔考核的嚴格，她才會在執裁工作中時刻提醒自己，必須不偏不倚，公平公正：「我相信每一名裁判員的心裏都有一把尺，一定要把評分規則和標準鑽研透。在比賽場上，一切以規則為準，心裏這把尺不能變，這是裁判的基本原則。」
2015年7月31日，北京申辦冬奧會成功。朱丹也從藝術體操國際裁判跨界跨項成為自由式滑雪空中技巧項目的國際裁判，並先後執裁了全國跳台滑雪冠軍賽、多場全國自由式滑雪錦標賽、國際雪聯自由式滑雪空中技巧世界盃等賽事。在2022北京冬奧會上，她作為技術官，為相關賽事做了執裁工作。
朱丹告訴記者，執裁工作中最難忘的是2014年藝術體操世界盃匈牙利站的比賽：「中國隊在最後一天進行的團體單項決賽中收穫一金一銀，那是中國藝術體操隊在世界盃賽場上首次實現金牌夢想。」憶及此，在現場見證這一歷史時刻的朱丹仍難掩激動。她說：「無論是運動員還是裁判員，我的夢想就是親眼見證中國體育的發展壯大。」
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